Проверьте сначала отчет "движения товаров по складам" нет ли у вас по проблемным позициям в какой-то период врвмени минусовых остатков, особенно на конец месяца (даже если на сейчас остаток не минусовой). Если найдете минуса, то подвигайте документы по времени чтобы такого не было. И перезакройте месяца.