Ермолаев Александр Алексеевич

Если Это Счет-Договор, то и оформлять его надо как договор:
с ФИО и живыми подписями и печатью с обеих сторон
или отправлять по ЭДО и
в названии надо писать тоже, например

Счет-Договор № 4 от 20 января 2016г
...
Руководитель ______ Иванов ИИ Руководитель _____ Петров ПП
ООО "Конфет пром" ООО "Магазин №23"
МП МП

PS: счет не является первичным документом и налоговой не контролируется,
по сути превратился в аналог тех рекламных бумажек,
что нам постоянно кидают в почтовые ящики
(они ни к чему не обязывают и ничего не гарантируют)
Если там нет определенных надписей надписи
про договор-оферту и его условия акцента.

А факсимиле в данном случае не является подписью с юридической точки,
хотя и выглядет как "подпись". И оправлять это надо только с корпоративных
почтовых ящиков и лучше, лиц которые имеют право подписи.

Подпись и печать это всего лишь один из видов акцепта,
как и договор не обязательно должен быть на бумаге.

PS2: прежде чем что то делать, надо разобраться хотя бы в азах или
периодически консультироваться у того кто разбирается в этом вопросе.

1c какая? Бухгалтерия предприятия 8.3

"...особенностей учета в организации..." в чем заключаются?

Сканер настроен? его только подключить к 1с?
Лицензия и программа на КриптоПро есть?
Маркированная продукция будет использоваться?