Можно попробовать провести процедуру "Тестирование и исправление" в Конфигураторе, но в принципе тут надо переходить на клиент-серверный вариант. Следует учесть, что в файловом варианте есть так же "потолок" на размер базы, превысив который, база просто перестанет запускаться.