ну это типовая обработка от 1С.
работает в случае полного совпадения конфигурации-источника и конфигурации-приемника. (откуда выгружаете и куда загружаете - конфигурации должны быть абсолютно одинаковы)
может быть Вы только одну базу обновили?
попробуйте обновить и вторую. тогда она снова будет работать..