Вы заблуждаетесь, типовая обработка как раз и предназначена для обмена с СЭД. Из СЭДа можно выгрузить файлы в различных форматах. Но сами форматы файлов (требования к файлам, утвержденные на сайте росказны), описывают файлы обмена как txt файлы, расширение которых зависит от используемого формата.