Есть вариант:
Отчеты формировать поэтапно и результат собирать в один документ еще на этапе формирования макета, выводить его уже одним документом.(или же один общий отчет в СКД с несколькими макетами)
В случае фиксированного списка отчетов, механизм выходит достаточно простым, т.к. все макеты можно "вшить" в механизм, в случае динамического выбора, нужно будет вносить изменения в конфигурацию, методом дополнения объектами.