В любом случае :
1. Как можно меньше офлайна (движения по складу в базе)
2.Открывать закрывать документы завязанными на движении товаров работникам склада НЕ придется.
Имхо: их вообще дальше печатных форм и сканирования лучше не допускать,
если есть возможность. А в данном случае она есть.
3. С подконопатить 1с полностью согласен (но там немного)