А что в типовом функционале не устраивает, "Начисление отпуска" и "Оплата по среднему заработку" итак по среднему только считает, а в больничном можно галочку ставить чтобы доплачивал разницу между средним и средним по ФСС
Выгрузить и загрузить потом обрезать базу, если есть SQL то на этапе подготовки обрезки, пусть там поработает. Если выгрузить не получается то файл этот в принципе и убить можно, потом при монопольном запуске программа его сама создать, но пустой и все документы перепровести придется.