1. Распровести все документы по номенклатуре, поправить коэффициент, провести снова - правильный путь, но зависит от того, насколько проблема запущена.
2. Выключить проверку в коде конфигурации, поправить коэффициент, включить снова. - чреват проблемами, как сказано выше.
3. Написать обработку, которая поправит коэффициент и запишет с флагом ОбменДанными.Загрузка. - проблемы те же, что и п.2.
4. Завести новую карточку номенклатуры с правильным коэффициентом. перекинуть остатки на нее - не очень красиво.
в настройках обмена в 1с поставьте отбор по количеству >0, а в битриксе в настройках интеграции с 1С - "Что делать с товарами, отсутствующими в файле импорта:" - "деактивировать".
Имхо, если от каждого поставщика по 120К наименований номенклатуры, то их и на сайт выгрузить нереально, по крайней мере со стандартным загрузчиком время будет стремиться к бесконечности...