Выложите куда-нибудь или пришлите на почту (напишу в ЛС) обработку в формате epf и описание какую конкретно строку надо убрать, поправлю за просто так. :)
Переоценка спокойно делается документом "Установка цен номенклатуры", без необходимости добавления дополнительных документов в систему. Там и подбор нормальный есть и условия наценки можно сделать. Расскажите подробнее что, Вас, не устраивает в стандартном механизме?