Попробуйте использовать механизм отложенного применения цен. Это опция в настройках Маркетинга, затем включается для каждого магазина. Вкратце: цену изменили (не важно где) и она не действует до тех пор, пока ее не применят документом Применение цен. Документ Применение цен заполняется автоматически измененными ценами.