Работала давно, но принцип помню. Сам МОД накатывается сверху, установщик прописывает в каждый модуль объекта свой код для регистрации изменений, сама регистрация это три файлика dbf. Есть обработка выгрузки структуры конфигурации, сам МОД сильно похож на КД, тот же принцип разработки правил обмена. После появления КД, надобность в МОД отпала.