можно оставить справочники в базе, но полностью снести документы и записи в регистрах (т.е физически , а не через удаление помеченных объектов после чего вы только в 1С не увидите этих документов , а на самом деле они будут сидеть в дбф тем самым размер базы вашей существенно не изменится)