Все пункты, за исключением 6-того, не требуют доработок и разработок. Что касается пункта 6 то возможно при более детальном обследовании не потребуется его доработка. 9 пункт можно реализовать без внесения изменений в конфигурацию. На мой взгляд, можно обойтись типовой конфигурацией УПП 1.3 (я вижу у вас склады цеха присутствуют) и тогда возможно будут в дальнейшем задействовать механизм производства и расчета себестоимости. Особо стоит отметить что при не правильной реализации доработок, возможны проблемы при обновлении и желательно их свести к минимуму.
Поддерживаю коллегу. Типовая свертка в 90% случаев отрабатывает правильно на нетиповых конфигурациях. Протестируйте на копии, и если не удачно свернется, тогда уже можно подключать специалистов, а так штатная обработка достаточно проста в обращении.