Артур,
Отвечаю я на ваши вопросы:
1) Например, что делать, если в анализируемом периоде выпуска готовой продукции, нет выпуска полуфабрикатов?.
Будет.
2) Или полуфабрикат в своей спецификации содержит еще полуфабрикат?
Разузловывать. До тех пор, пока не придем материалу, который НЕ выпускался.
3) И если таких "уровней вложенности" много?
Да, конечно, уровней несколько и их количество может быть произвольным