Так это простой ФИФО, тут собственно и магазны/точки не причем. Главное чтобы задолженность была видна по документам расчетов а не только по договору/контрагенту.
Видел похожую конфигурацию, добавлялся новый справочник "Точки контрагента" подчиненный справочнику "Контрагенты", в документах отгрузки указывается как контрагент так и точка отгрузки. В данном варианте правильно закрываются взаиморасчеты.