В УТ 11 есть специальная обработка в которой можно управлять (регистрировать к обмену или наоборот отменять регистрацию) объектов
Открывается через Настройки синхронизации (если точнее там где грузятся правила конвертации ) сейчас УТ под рукой нет - могу завтра точно посмотреть. Так же подобную обработку можно найти на диске ИТС RegistrationChangeForDataExchangeManaged в папке UNIREPS82