Если конфигурации полностью идентичны, можно пользоваться стандартной обработкой с дисков ИТС "ВыгрузкаЗагрузкаДанныхXML". Движения документов она тоже переносит
Можно попробовать использовать типовой документ "Комплектация номенклатуры" вместо документа "Отчет производства за смену", предварительно указав сырье как комплектующие для полуфабрикатов