Удалятся все элементы справочника Номенклатура - для которых нет ссылок на другие объекты - к примеру - на документы.
А так просто элементы справочника удалять нельзя. Потом могут возникнуть проблемы целостности базы.
Пометьте все элементы справочника "Номенклатура" на удаление.
Запустите процедуру удаления помеченных объектов.
Те объекты - которые система позволит удалить - удалятся.
После этой операции отмените пометку на удаление всех элементов справочника "Номенклатура".