Непонятно как у вас учитывается рабочее время. Почему вообще при отсутствии человека на рабочем месте компенсация начисляется? Это прежде всего проблема в табеле.
Можно уточнить вам нужно что бы в новой базе были только остатки на определенную дату или это требование не обязательно? поскольку переход на редакцию 3. 0 делается обновлением.
В таком случае можно только посочувствовать. Если у вас большая бухгалтерия и работает до сих пор на Платформе 7.7.Тогда в принципе непонятно зачем вам новый счет. Все равно видимо вы планируете все делать бухгалтерской справкой. В крайнем случае самостоятельно добавьте счет в режиме использования конфигурации.