Нужно к справочнику физлиц программно добавить дополнительный реквизит(ИдентификаторСКД), заполнить его данными из файла. При повторной загрузке не нужно этот реквизит создавать заново)))
Если у физлица этот реквизит заполнен и отличается - заменяем на новый.