1c 8.2: УТ 10.3 + БП 2.0. - исправить ошибки со списанием себистоимости

Что есть: Есть связка с настроенным обменом Управление торговлей (УТ) 10.3 + Бухгалтерия предприятия (БП) 2.0. Связка существует с 2011 года.

Как работает: поступление и продажа ведётся в торговле. Результат купле-продажной деятельности попадает в БП. В БП считаются и сдаются налоги и отчёты.

Текущая ситуация: Если сформировать оборотку по 41 счёту - можно заметить, что некоторые позиции номенклатуры, после своей реализации оставляют количественный остаток 0 и отрицательное сальдо по дебету. В 2011-2012 году этого не замечали. В 2013 это стало проблемой.
Себестоимость и в УТ считалась по средней, как и в БП. Но видимо алгоритмы разные расчёта себестоимости в БП и в УТ. Насколько я понял, себестоимость рассчитывается при создании документа "реализация товаров и услуг" в УТ и при обмене передаётся вместе с этим документом в БП. Перепроведение документа, полученного в БП после обмена не даёт повторного расчёта, согласно данным из БП. Только если создать вручную в БП такой же документ, с такими же атрибутами и цифрами и провести его в БП - то себестоимость считается правильно. Получается, влияет какой-то признак что документ получен в базу в результате обмена.

Задача: Сейчас мы хотим перейти на Комплексную автоматизацию(КА) 1.1. Но для перехода нужно выровнять все косяки предыдущей базы и получить правильные остатки. Не знаем, что делать кривым расчётом себестоимости и с минусовым сальдо по 41 счёту за весь период. Как это выправить, чтобы получить правильные остатки? Предлагайте идеи и стоимость.