Делаем в плане обмена КА-КА узел для нужной организации.
Регистрируем изменения, получаем начальный образ новой базы с данными по одной организации.
Далее узел удаляем (если обмен не требуется)
Если я правильно понял, то готов сделать.
P.S. Если потом что-то клиенту не достанет то переносит интуитивно понятной и типовой обработкой ВыгрузкойЗагрузкойДанныхXML между базами с идентичными конфигурациями.