в приходной накладной (только по услугам) перенести "проект" из вкладки "Дополнительно" в табличную часть. Предусмотреть разнесение накладной по сумме, отнесенной на проект. Такой принцип реализован в документе "расход со счета"
Уточнение: данные изменения должны отражаться в родном отчете 1С Доходы и расходы по статьям (по отгрузке)