Как планируете обработкой остатки корректировать, записи в регистр накопления делаются документом.
Обработкой создать документ который делает записи в этот регистр с автоматическим заполнением? Если док делает записи еще и в другой регистр, то этот вариант не сработает.
Если в вашей конфигурации нет типового документа по типу "ручной операции", который позволяет корретировать регистры, то наверно правильней создать такой документ. Или что будет проще, создать менее универсальный документ "Корректировка..." конкретно только для этого регистра.