Необходимо доработать типовые правила переноса данных из УТ10 в УТ11, а именно:
реализовать перенос остатков не по партиям товаров на складах, а по остаткам на складах, за основу можно взять обработку с инфостарт https://infostart.ru/public/310484/, или адаптировать ее под актуальный релиз.