1. При Выгрузке Операции по платежной карте, в УТ не всегда заполнен реквизит Подразделение, зависит от вида операции и иногда его просто нет на форме.. Реквизит "Подразделение" можно вытащить из Документа Основания и заполнить его в Бухгалтерии.
2.Некоторые документы Поступление на расчетный счет, также имеют не заполненный реквизит Подразделение, но при этом заполнить его можно только на основании "назначения платежа"(текстовое поле) там текстом указан номер, по которому можно найти подразделение. (табличка в экселе или текстовый документ)
3. В этих же Платежках, там же в назначении указана сумма комиссии, эту сумму нужно вычленить и поставить в реквизит документа.. смотрите прикрепленный скрин