В договор с клиентом добавляется реквизит с указанием доп соглашения.
В документах "Заказ покупателя" и "Реализация" должно быть так:
Выбираем контрагента, выбираем договор (если он один выбирается автоматически), поле "соглашение" заполняется согласно заполненному полю в договоре.