Доработать правила выгрузки из 1C:Розница АПТЕКА в 1С:Бухгалтерия

Требуется доработать страндартные правила выгрузки из 1с:Розница АПТЕКА ( 2.1.9.20 ) в 1С:Бухгалтерия 3.0 ( последняя )

Задача такая есть 4 аптеки - ежемесячно их надо выгружать в бухгалтерию, причем:

1. Номенклатуру - не трогаем ( она будет задватваться, т.к. у каждой апетки свой префикс )
2. Контрагенты - не должны задваиваться ( связка ИНН+КПП )
3. Договоры контрагентов - не должны задваиваться ( как это сделать пока не знаю, может как то в самих базах аптек какие нибудь данные добавлять )
4. Склады - не должны задваиваться ( в каждой базе аптеки - заведены склады остальных 3х аптек, т.к. делают перемезщение между аптеками)
5. Всякие там статьи движения денежных средств - не должны задваиваться.
6. статью затрат
7. должности
8. ФИЗИЧЕСКИЕ ЛИЦА

Требуется продумать как сделать так, чтобы задвоений небыло, к примеру:

1. Называем склады к в каждой аптеке по одинаковому
2. Создаем какой нить дополнительный реквизит в каждой базе аптеки ( по этому реквизиту будет связка )
3. В правилах как то допиливаем, чтобы анализ на дубли был.
4. Какое то возможно разовое сопоставление сделать

т.е. не надо упираться конкретно в доработку правил, должен быть какой то комплекс мер, который позволит мне ежемесячно проводить такую выгрузку - и не париться за дубли.

P.S. сейчас выгрузка проходит, просто после каждой выгрузки приходится запускать стандартный механизм удаления дублей, и все выше перечисленное удалять, это неудобно.