Бывает, когда используется сериализатор XDTO (обычно при различных загрузках).
3 раза такое было в нашей практике.
Есть обработка для исправления. Там надо еще посмотреть задвоения в справочниках.
Шлите базу на:
SupportX1C@yandex.ru
Если ситуация типовая, сделаем быстро.