Сделали переход с 7 на 8. Все отлично, но реализации не связаны с счетами-фактурами.
Алгоритм прост: Если Документ-основание = Пусто: Ищем счет фактуру того же контрагента с таким же договором и суммой и цепляем. И Реквизит "Отразить вычет НДС В КНИГЕ ПОКУПОК" = 1.