Привет, могу дать только совет: в Microinvest Склад Pro есть импорт номенклатуры из файлов Excel.
Можно здесь почитать: http://wiki.microinvest.su/index.php?title=%D0%98%D0%BC%D0%BF%D0%BE%D1%80%D1%82_%D0%BD%D0%BE%D0%BC%D0%B5%D0%BD%D0%BA%D0%BB%D0%B0%D1%82%D1%83%D1%80
Товары с аптечной номенклаутрой можете собрать с сайта по патечным товарам на mail.ru по http://health.mail.ru/drug/list/abc/А/.