Данные в регистре Товары организаций не соответствуют Товарам на складах.
Это происходит потому, что некоторые документы с одними и теми же данными создаются по упр учету и по бух учету отдельно, например, на разные даты (см скриншот).
В этом случае движения по Товарам организаций проходят дважды, а по Товарам на складах один раз (только для упр учета) что и ведет к расхождениям между регистрами.
Требуется следующее:
1. Доработать движения документов по регистру Товары организаций таким образом, чтобы документы без флага Отразить в упр учете не делали движений.
2. Обработка для заполнения документа "Корректировка записей регистров", которая приведет данные регистра "Товары организаций" в соответствие с регистром "Товары на складах" (т.е. создаст корректировку на разницу в товарных остатках) на указанную на форме обработки дату.