Ну вообще-то примерно так и делается, только не контрагентов, а по две фирмы заводят. Своя для взаиморасчетов и центральная для счетов-фактур. Если готовой печформы нет с выбором грузоотправителя, допилить недолго. Но все же посмотрите внимательнее, обычно есть она. Даже в семерочном ТиС типовом была.
PS: Например в БГУ есть константа централизованная бухгалтерия, в которую выбирается та фирма, что НДС платит, в итоге руками при печати выбирать ничего не надо. Если в старой УТ такого нет, добавить минутное дело.
zalexey1978@gmail.com