Добрый день.
Выполню Вашу задачу. У меня большой опыт настройки выгрузки данных между базами с разной конфигурацией. Есть успешный опыт перевода крупной оптово-розничной сети магазинов стройматериалов с 1с 7.7 Торговля и склад на 1С8 Управление торговлей. В этом проекте тоже выгружали все данные, и вместе со справочниками выгружали остатки.