Выгружаются данные в опять же самописные документы КА (_Поступление товаров, _Реализация товаров,_Возврат и тд - все документы есть в разделе "Торговля и Бухгалтерия - Склад" в КА) + Переносятся ПКО в КА. В самописных документах ведется ТОЛЬКО суммовой учет, без конкретики по номенклатуре(указывается просто "Товар")
А этот просто "товар" разве нельзя указывать в "просто" типовых документах?
Я понимаю, когда бухгалтерскую часть и торговую делят на разные базы, чтобы спокойно пилить торговую часть и спокойно обновлять бухгалтерскую часть и спокойно формировать там отчетность. Однако же, сделанные изменения позволяют усомниться, что отчетность формируется спокойно и без напрягов.
Теперь по оценке задачи. Это можно сделать только после того, как посмотреть, что за изменения были произведены вами в этих дублирующих документах по сравнению с типовой. Если переделку обработки загрузки ладно, можно будет мифически оценить после того, как скажете хотя бы сколько видов документов требуется переносить, то с самими изменениями надо либо от вас услышать ПОДРОБНОЕ описание что и где меняли и цель изменений, либо конкретно поковыряться в конфиге