Думаю не там ищете, коды могут повлиять только на отчеты, т.е. выводиться будет не тот. В самой программе объекты идентифицируются по UID, который с кодом никак не связан. Ну еще могут быть проблемы если в модификациях программисты использовали поиск по коду, но за это ручки шаловливые отрывать надо.
Алексей! Я ни за то ни за другое если нужно использовать какой-то элемент справочника, то либо он должен быть предопределенным, либо нужно заводить константу, определяющую этот элемент.