Дмитрий
Скажите, что именно необходимо почистить?
ну, в серверах я не силён, но чистить нужно (из того, что я думаю):
1. темп каталоги.
2. сменить пользователя. это вместо очистки его данных - создать аналогичного существующему и запускать под ним (ЭсКуЭль-сервер и сервер-1С).
ну и перезагрузка сервера (серверОВ) - это самое простое, не помогает?