В программе "1С:Зарплата и кадры государственного учреждения" (ред. 3) реализована возможность учета заработной платы сотрудников в разрезе кодов экономической классификации (КЭК). Возмо...
Подробнее>>
Такой настройки нет, надо дорабатывать. Но, по идее, нет никаких регламентирующих положений, чтобы вычет предоставлять по основному месту. Так что программа делает все правильно, советую не заморачиваться