Добрый день. Как минимум для учета накопленной скидки для клиентов нужен будет регистр накоплений с привязкой к реализациям. Да, внешне на привычный интерфейс это никак не повлияет, но изменения-то...
Была такая проблема в предыдущем релизе. В 3.1.32.39 исправлено. Нужно пересчитать НДФЛ в документах расчетов зарплаты и перезаполнить в ведомостях на выплату.