1)УТ 11.1.9.70 Обновить до последнего релиза
2)Расходы, оформленные авансовыми отчётами, с указанием заказа клиента в аналитике, не распределяются  на себестоимость и не попадают в отчет о валовой прибыли отображаясь лишь в отчете о доходах и расходах. Нужно чтобы было все в одном отчете. 
3)Нужно, чтобы менеджер клиента автоматом подтягивался в документы реализации. Если указан. 
4)Нужно организовать обмен УТ 11 с бух 3.0
5)для раздельного учета товара проданного на ЕНВД ,
нужно написать в 1С ке операцию , типа закрытия месяца , где
себестоимость будет автоматически списываться на отдельную статью ЕНВД по проданным через магазин товарам, то есть не вручную выбирать и
перемещать их на склад а автоматически раз месяц.
И выписки банка у Вас должны выгружаться для экспорта их в 1С
6)Настроить обмен с КБ в обе стороны. Т.е. организовать выгрузку платежек в Клиент-банк