Не так давно в релизах конфигураций для автоматическго обновления конфигурации в узлах РИБ был добавлен механизм "настройка обновления конфигурации РИБ", но он совершенно не приспособлен к работе в реальной ситуации.
Настроивал РИБ и столкнулся с такой проблемой что типовой текст скрипта для обновления конфигурации совершенно не подходит для узла, который обычно файловая версия, а он расчитан на серверный вариант работы (тем как он пытается выкинуть всех пользователей). Я решил его немного дописал, получился вполне рабочий вариант, хотя не множко и коварный. Я вызываю скрипт который убивает все процессы с именем 1cv8.exe.
См. вложение. Думаю с остальным разберетесь что и где необходимо подставить чтобы для вашей базы заработало:)