В отчете информационные остатки срабатывает фильтр по магазину, удаленные магазины не видят остатки друг друга, актуальные остатки можно просматривать только в центральной базе. В периферийном магазине остатки актуальны только для этого магазина.
1С:Предприятие 8.3 (8.3.6.2299)
Розница 8. Магазин одежды и обуви.