Вместо традиционного оформления передачи требуемых товаров между организациями надо сделать :
в передающей организации : перемещение этих товаров между своими складами, т.е в пределах одной организации
в принимающей : документ поступления на склад от передающей организации и при этом во всех произошедших реализациях (по которым происходит передача товаров) надо поменять склад передающей компании на склад принимающей организации.