Возможно вариант является неоптимальным или ошибочным (это просто мое предварительное видение решения)

1. По начальным остаткам:
В СRM необходимы остатки на начало 2013г. 

Ну тут вроде ясно (есть в срм документ "Корректировка регистров", им наверно можно воспользоваться.

2. По оборотам:

Тут сразу такой момент: если проводки изменились в бухгалтерии, они должны заменить существующую запись регистра накопления, а не создавать новую.
Поэтому наверно можно сделать так:
1 вариант:В БП добавить реквизит регистра бухгалтерии - хозрасчетный - Документ "ОперацияДляПередачиВCRM", тут для каждой проводки будет свой документ и при в ПриЗаписи() в модуле регистра бухгалтерии отлавливать и обновлять или записывать новый документ.
2 вариант: проводок без регистратора не бывает, поэтому 1 регистратор - 1 документ "ОперацияДляПередачиВCRM", тут тоже каким-либо образом надо привязать регистратор к нашему документу.
Изменение документа можно отловить в подписках на событие.

Вроде в части бухгалтерии как все. Теперь этот документ можно один в один передавать через обмен в CRM, а в СRM он при проведении будет делать движения в регистре накопления, а оттуда вытащить данные отчетом не проблема.

То что касается туризма: документы по туризму можно передавать один в один или в документ более упрощенной формы, который будет содержать только минимум необходимых сведений.
В БП заявка на тур проводок сама не делает, но проходит в проводках как 3-е субконто по счетам расчетов, поэтому возможно в БП можно видеть взаиморасчеты с клиентом (туристом) по конкретной заявке на тур.  
В СRM тоже как-то надо к оборотам привязать заявку на тур, чтобы ее можно было открыть и посмотреть.